Les sciences de l’environnement émergent comme champ scientifique dans les années 60 et 70, au moment où la protection de l’environnement apparait comme enjeu sociétal et que la conscience environnementale prend sa place dans le discours public. C'est à cette période que les sciences de l’environnement s’institutionnalisent au sein du réseau de l’Université du Québec (UQ), qui se positionne alors comme un véritable précurseur.
Pierre Dansereau, pionnier de l'écologie au Québec, arrive à l’UQAM dans ces années et devient un des principaux instigateurs des sciences de l’environnement à l’université. Les programmes en sciences de l’environnement sont mis sur pied par la collaboration entre divers départements, d'abord en sciences naturelles. La maîtrise en sciences de l'environnement accueille ses premières étudiantes et premiers étudiants en 1973, mettant à profit les disciplines de la biologie, de la chimie, de la physique et de la géographie. Puis, le programme s’ouvre aux sciences humaines et sociales à partir de 1999. Le doctorat en sciences de l'environnement débute à l'UQAM en 1987, puis s’agrandit en programme réseau avec quatre autres constituantes de l’UQ (UQAC, UQAR, UQAT, UQTR) quelques années plus tard.
À la demande des étudiantes et étudiants de la maîtrise et du doctorat qui estimaient qu’un lieu d’appartenance était devenu essentiel à leur formation, l’Institut des sciences de l'environnement (ISE) est fondé en 1990, en proposant une structure innovante au sein de l'Université. L'Institut prend la forme d'une unité académique qui relève du Vice-rectorat à la recherche et à la création, mais qui est également responsable des programmes de maîtrise et de doctorat en sciences de l’environnement, se retrouvant donc à la croisée des mandats de recherche et d’enseignement. À ce titre, l’ISE se pose comme un lieu de convergence des forces vives à l’UQAM et dans les autres constituantes du réseau de l’UQ sur les questions environnementales.
L'interdisciplinarité a toujours été au coeur des activités de l'ISE. On entend par ce terme l'interaction de deux ou plusieurs disciplines ou spécialités, engagées dans la définition et la résolution de problèmes complexes, ou de défis socio-écologiques aux ramifications multiples. L'interaction des disciplines est essentielle à la résolution du problème étudié, car elles ne sont pas exploitées en parallèle, impliquant par le fait même l'incontournable collaboration entre les individus. L'interdisciplinarité permet ainsi de considérer les sciences de l’environnement dans une perspective systémique en s'appuyant sur un vaste éventail d'expertises, tant chez les professeures et professeurs que chez les personnes chargées de cours.
Plus de 1900 étudiantes et étudiants ont gradué avec un diplôme de maîtrise ou de doctorat en sciences de l’environnement depuis la mise en place de ces programmes. Ces diplômées et diplômés qualifiés contribuent à la relève québécoise et tissent des liens partout dans le monde. Leurs contributions scientifiques ainsi que leur implication dans leur domaine de spécialisation et auprès des collectivités contribuent à la reconnaissance des sciences de l’environnement telles que pratiquées à l’UQAM. L’attrait exercé à l’étranger par les programmes de sciences de l’environnement de l’ISE témoigne de la pertinence et de l'intérêt de cette formule d'études supérieures.